2021年春运1月28日开启。为满足长株潭三市人民和广大旅客春运出行需求，结合株洲站站房改造进展情况，株洲城际场定于2021年1月28日零时起过渡开通运营，株洲城际场将首次启用客运业务，株洲南站同时恢复客运业务。为此，长株潭城际铁路同步启用新的列车运行图。

此次调图后，长株潭三市之间与长沙市内的“公交化”水平进一步提高。按新的运行图，长沙与暮云区间的平均发车间隔为11分钟左右，株洲、湘潭区间为22分钟左右，比上年缩短2分钟左右，有助于长株潭三市进一步融城，实现一体化。株洲与湘潭两个方向恢复均衡开行。2020年3月大丰以南线路停运后，株洲方向富余运能均调整到了湘潭方向，因而株洲方向的开行对数大幅减少至16.5对，湘潭方向大幅增加至59.5对。本次调图后，株洲方向开行42对，湘潭方向开行43对，两方向的开行对数基本一致。通勤高峰期的开行密度有所强化。上班时间段，长沙站开往株洲、湘潭方向的列车平均10分钟一趟，并尽力优化了到达时间，更好满足沿途旅客的通勤需求。

本次调图后，长株潭城际铁路仍同时开行本线列车和跨线长途列车。为有效区分本线列车与跨线车次，本次调图后本线车次改以字母“S”命名，读作“市郊”。开往黔江、张家界、石门等方向的跨线车次仍以“C”和“D”开头，方便读作“城际”和“动车”。本线以字母“S”开头的列车，旅客可通过“铁路12306”网站，下载使用“铁路e卡通”扫码，实现优惠方便快捷乘车，不用提前买票和携带身份证；乘坐C字头、D字头等其他跨线车次的旅客需提前购票，并凭身份证或车票进出站。

长沙西站因为改扩建原因，仍停办客运业务，长株潭城际列车依然在麓谷站始发终到。